Кафедра археологии и этнологии была открыта на основании решения Ученого совета ТГПУ от 4 апреля 2003 года. В первый состав кафедры вошли: заведующая кафедрой, проф., д.и.н. Л.М. Плетнева, проф., д.и.н. Н.В. Лукина, доц., к.и.н. Н.А. Тучкова, доц., к.и.н. Е.Ю. Кошелева, ст. преподаватель Л.В. Панкратова.
В 2003 году была открыта аспирантура по специальности 07.00.06. Археология и 07.00.07. Этнография, этнология и антропология. В 2006 году при кафедре был открыт учебно-методический кабинет "Культуры и этносы Сибири".
В период 2003–2011 гг. научными направлениями работы кафедры археологии и этнологии были: Культурногенетические процессы в эпоху железа в Среднем Приобье (Руководитель: д.и.н., профессор Л.М. Плетнева); Этническая культура народов Западной Сибири: традиции и современность (Руководитель: д.и.н., профессор Н.В. Лукина). В 2004 году кафедра провела I Исторические чтения Томского государственного педагогического университета.
С 2003 году кафедрой проводятся регулярные полевые археологические практики для студентов-историков ТГПУ. С 2005 года руководителем практик является – к.и.н. Л.В. Панкратова. Под её руководством были проведены полевые археологические практики в Томской области, Алтайском крае, Ямало-Ненецком автономном округе. В 2007, 2009 и 2010 годах практики проводились в совместных экспедициях, организованных ТГПУ и музеем г. Северска; в 2008 году в экспедициях, организованных совместно с Алтайским государственным университетом и ГУ "Ямало-Ненецкий окружной музейно-выставочный комплекс им. И.С. Шемановского"; в 2011 году совместно с ООО "Центр историко-культурных исследований".
С 2007 году сотрудниками кафедры издаётся Сборник трудов кафедры археологии и этнологии ТГПУ "Археология и Этнография Приобья: Материалы и исследования". Вып. 1 (2007), Вып. 2 (2008), Вып. 3 (2009), Вып. 4 (2011).
Сотрудниками кафедры подготовлено к изданию ряд учебно-методическое пособий:
- Изучаем народные традиции. Программы и вопросники. Томск, 2004. Вып.1. 34 с.
- Панкратова Л.А. История первобытного общества. Археология. Этнология. Словарь терминов. Томск: Изд-во ТГПУ, 2005. 76 с.
- Тучкова Н.А. Этнография народов России. Томск: Изд-во ТГПУ, 2009. 83 с.
- Этнография народов Томской области / Авторы: Н.В. Лукина, Е.Ю. Кошелева, Н.А. Тучкова, Г.В. Грошева, Т.А. Гончарова и др. Учебное пособие. Томск, 2009. 176 с.
С 2009 г. при кафедре существует научно-методологический семинар "Актуальные проблемы археологии и этнологии Сибири", на котором с докладами выступают как сотрудники кафедры так и приглашенные специалисты – археологи, этнологи, лингвисты (к.филол. н. С.В. Глушков, к.и.н. А.И. Боброва, Dr.Zoltan Nagy и др.).
Сотрудники кафедры принимали участие с докладами и публикациями в работе:
- Второго Северного археологического конгресса (сентябрь 2006 г.)
- Третьего Северного археологического конгресса (ноябрь 2010 г.) в Ханты-Мансийске;
- Первого Всероссийского археологического съезда в Новосибирске (окт. 2006),
- Второго Всероссийского археологического съезда в Суздале (окт. 2008),
- Третьего Всероссийского археологического съезда в Великом Новгороде (окт. 2011).
